截至2025年3月，医学院总人数547人(含访问类)。学院现有中国科学院院士2人，美国科学院院士1人；教研系列78人，其中讲席教授12人、教授15人、副教授26人、助理教授25人；教学系列教授3人；研究系列26人。拥有国家、省市级各类人才头衔已达到160人次，其中教研系列拥有国家级人才头衔占比57%，海外教育、工作背景占比97%。
附属、教学及合作共建医院临床师资370人，其中临床教授222人、临床副教授136人、临床助理教授12人；研究生导师423人次、生物学博导64人次、硕导179人次、临床医学硕导180人次。
截至2025年3月，医学院累计科研项目399项，累计经费超过3.9亿元。
截至2025年3月，医学院发表SCI论文超过1600篇，论文发表在包括Nature、Cell、NewEngland Journal of Medicine、JAMA等国际顶级学术期刊，累计出版专著17本。
科研平台建设显著，拥有4个省级重点建设平台：广东省细胞微环境与疾病研究重点实验室、广东省新陈代谢与健康普通高校重点实验室、粤港血管稳态与疾病研究高校联合实验室、广东省普通高校前沿生物技术重点实验室；市级平台3个，包含2个深圳市重点实验室(深圳市心血管健康与精准医学重点实验室、深圳市细胞微环境重点实验室)，1个深圳市工程研究中心(深圳市心脑血管疾病防治监测工程研究中心)；4个校级科研平台。实验室均具备良好的科研环境和现代化的配套设施。
南科大医学院现有直属附属医院4所：南方科技大学附属医院(在建)、南方科技大学第一附属医院(深圳市人民医院)、南方科技大学第二附属医院(深圳市第三人民医院)、南方科技大学口腔医院(筹)。非直属附属医院包括南方科技大学附属中国医学科学院肿瘤医院深圳医院、南方科技大学附属阜外深圳医院、南方科技大学附属佛山第一人民医院、南方科技大学附属龙华人民医院、南方科技大学附属精神卫生中心(深圳市康宁医院)等10家医院。教学医院和科研合作基地17家，实现了深圳市本土医教资源的强强联合，为南科大快速建设高水平医学院提供了强有力的支撑和保障。
附属医院参与医学教学的桥梁课程教学，也是医学生重要的实践基地，承担着临床见习、实习、规范化培训的重要任务，也是转化医学研究的重要载体。
