南科大医学院与自己的附属医院似连体双胞胎，密不可分，是共生、同长的一体。附属医院参与医学教学的桥梁课程教学，也是医学生重要的实践基地，承担着临床见习、实习、规范化培训的重要任务，也是转化医学研究的重要载体。医院是医学院发挥功能和实现使命的必备基地，医学院又是医院学术、科研和现代医学教育和和临床培训的合作和推动者，也是临床医疗领军人才的最初启导和孵化者。医学院和医院的密切结合更是现代医学中医生科学家"两线作战"所必需的条件，二者将以共建共荣为理念，合力构建具有南科大特色的医教研协同发展模式，打造南科大医学高地。

医学院已基本完成了办学模式、学科专业、学位、教学体系和课程的设置，正在校本部配套筹建一所高水平、国际化、智能化和人文化的附属综合性高端医院。还在深圳市委市政府的领导下，深圳市人民医院、深圳市第三人民医院、南山区西丽医院分别正式成为南方科技大学的第一、第二和第三附属医院。另外还有7所合作共建及教学医院，实现了深圳市本土医教资源的强强联合，为南科大快速建设高水平医学院提供了强有力的支撑和保障。