医学院与附属医院关系密切，附属医院参与医学教学的桥梁课程教学，既是医学生重要的实践基地，承担着临床见习、实习、规范化培训的重要任务，也是基础医学、转化医学研究的重要载体。

学校紧紧围绕“健康中国”战略,梳理大健康理念，目前南科大临床教学附属医院体系基本形成,医学院与各直属、非直属附属、教学合作医院已逐步建立“医教研产”高效协作关系,双方将秉持共建共荣的理念，将推进以胜任力为导向的教育教学改革,开展医学教育质量文化建设，发挥临床教学附属医院的学科专科人才优势，合力构建具有南科大特色的医教研协同发展模式，打造南科大医学高地。

在深圳市委市政府的领导下，截至目前，南科大附属医院体系包括，附属医院：南方科技大学附属医院（在建）、南方科技大学第一附属医院（深圳市人民医院）、南方科技大学第二附属医院（深圳市第三人民医院）；教学、合作共建医院：四川大学华西医院、中国医学科学院肿瘤医院深圳医院、北京大学深圳医院、深圳市儿童医院、深圳市妇幼保健院、南方科技大学医院、南方科技大学盐田医院（深圳市盐田区人民医院）、南方科技大学附属精神卫生中心（深圳市康宁医院）；公共卫生机构：深圳市疾病预防控制中心、深圳市慢病中心、深圳市健教中心，实现了深圳市本土医教研资源的强强联合，为南科大医学教育、学科建设提供强有力的支撑和保障。

  附属医院师资力量雄厚。共有正高职称479人，副高职称939人。博士生导师37名，硕士生导师165名，博士后375人。国家杰出青年基金获得者等国家级人才6人。国家级专业学会副主任委员以上学科带头人12人次。享受国务院政府特殊津贴专家3人。深圳外高层次人才14人，深圳市高层次人才4人。医学院与附属医院建立了医、教、研互联互通关系，已启动临末教学教研室和平台的工作，成立了以医学院院长和第一、第二附属医院院长为主任的委员会，南科大医学院临床医学硕士点已于2021年获批，目前正在启动新的博士授予点的申报工作。

南科大正在校本部配套筹建一所高水平、国际化、智能化和人文化的附属综合性高端医院，已于2023年6月开工。医院将秉承重研究，铸特色，精而美的新型研究型医院思路，打造以神经医学、消化医学为卓越学科，建设肿瘤、口腔、内分泌与代谢医学为重点专科，整合护理、检验、医学影像、全科医学等平台学科，探索创建稳态医学、生活方式医学、互联智慧健康医学、医理工文交叉融合的“新医科”学科架构体系。