医学院基础医学实验教学中心总建筑面积达1000平方米以上，设有多个实验平台，包括人体解剖学实验室、分子医学实验室、机能学实验室、人体生理学实验室、医学微生物学实验室、显微数码互动实验室、创新实验室、VR教学实验室、医学虚拟仿真实验教学中心及数字化病理学教学示范中心，另配备有细胞培养室、准备间、洗消间等辅助区域，为本科生及研究生提供先进的优质的实验平台。实验室配备多台科研级别的国际先进仪器设备，包括Invitrogen Attune NxT声波聚焦流式细胞仪、Roche LightCycler 96实时荧光定量PCR仪、Nikon Eclipse Ni-U正置荧光显微镜、BioTek Synergy多功能酶标仪、Thermo NanoDrop One超微量分光光度计、VR混合教学系统套装，包括VR头戴式显示器、VR肢体动作捕捉仪、3D全息观影眼镜、数字化解剖教学平台、多点触控虚拟解剖台(Anatomage Table  6.0 )、VR解剖教学系统及设备、平衡调节式净化解剖台、HPS-101人体生理实验系统等设备

        医学院拥有9所医院为其临床教学基地，分别为：南方科技大学第一附属医院（深圳市人民医院）、南方科技大学第二附属医院（深圳市第三人民医院）、南方科技大学医院、南方科技大学盐田医院（深圳市盐田区人民医院）、中国医学科学院肿瘤医院深圳医院、深圳市康宁医院、深圳市儿童医院、深圳市妇幼保健院及北京大学深圳医院。